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Divers éléments rentrent en compte :
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En Franche-Comté, région de production laitière, les PAPPA sont pour l'essentiel dues à l'inhalation répétées de quantités importantes de "poussières organiques". On appelle "poussières organiques" un mélange de poussières végétales (foin ou paille ou céréales...) et de microorganismes qui se développent dans ces substrats végétaux.
Les poussières végétales en tant que telles ont un effet inflammatoire sur le poumon, et dans un certain nombre de cas peuvent donner des bronchites chroniques ou des asthmes. Mais, les substances les plus nocives de ces "poussières organiques" sont les microorganismes (champignons microscopiques et bactéries) qui se développent dans les substrats végétaux quand il y a des moisissures.
Dans la maladie du poumon de fermier dans notre région, par exemple, on a pu identifier les moisissures responsables et on connaît de mieux en mieux les raisons de leur développement dans les fourrages ainsi que les moyens de les combattre. Ces microorganismes sont aussi certainement responsables de la bronchite chronique agricole et des asthmes allergiques mais surtout des asthmes non allergiques. Le développement des moisissures dans les fourrages et dans la paille dépend des conditions de récolte. Un foin rentré humide (ou pas tout à fait sec) et qui contient de la terre (la faute aux campagnols !) a toute chance d'être contaminé par les microorganismes qui donnent le poumon de fermier et certaines autres PAPPA. C'est pourquoi le poumon de fermier mais aussi l'ensemble des PAPPA sont plus fréquents dans les zones de production laitière exclusive, situées en altitude.
Les asthmes et les rhinites allergiques sont dus à des allergènes qui ont été cités plus haut. L'utilisation de pesticides peut être intensive dans les zones céréalières et viticoles de Franche-Comté, ce qui justifie l'utilisation de protection respiratoire.
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